Naturvårdsverket har på uppdrag från Regeringen presenterat förslag på förändringar i avgiftssystemet för miljöfarlig verksamhet och vattenverksamhet, något som berör alla större industrier. Avgifterna regleras i förordningen (1998:940) om avgifter för prövning och tillsyn enligt miljöbalken (FAPT).
Vad gäller prövning av miljöfarlig verksamhet (2 kap. FAPT) lämnar Naturvårdsverket bland annat förslag på att de årliga prövningsavgifterna för verksamheter som driver verksamhet med stöd av miljötillstånd fasas ut och istället ersätts med ansökningsavgifter för verksamheter som ansöker om tillstånd till miljöfarlig verksamhet. Avgiften föreslås uppgå till mellan 75 000 – 1 300 000 kronor beroende på verksamhetens komplexitet.